1950 yılının karanlık bir kışında, Appalachian Dağları’nın sisli ve soğuk derinliklerinde, eski bir kötülüğün uyanışına tanıklık ediliyordu. Bu bölgede, tarih ve doğanın birleşiminden oluşan mistik bir atmosfer vardı. Hellboy ve Paranormal Araştırma ve Savunma Bürosu’nun cesur ajanı Bobbie Jo Song, burada görev yapmak üzere yola çıktıklarında, karşılarına çıkan tehlikelerin yalnızca doğanın değil, aynı zamanda kadim bir kötülüğün ürünü olduğunu keşfederler. İkili, karşılaştıkları karanlık topluluğun, 18. yüzyılda korkunç suçlar işlemiş olan Jeremiah Witkins’in ruhunun kontrolünde olduğunu anlarlar. Bu ruh, Crooked Man olarak bilinir ve cehennemin derinliklerinden geri dönmüştür. Hellboy’un geçmişiyle derin bir bağlantısı bulunan Crooked Man’in ortaya çıkışı, ikilinin mücadele etmesi gereken zorlukları daha da artırır. Hellboy ve Bobbie Jo, bu lanetli topraklardan kurtulmak ve Crooked Man’in acımasız planlarını boşa çıkarmak için tüm güçlerini ortaya koyarak ölüm kalım mücadelesi verirler. Dağların karanlık köylerinde geçirdikleri her an, onları daha büyük bir tehdit beklemektedir ve geçmişin gölgeleri, her hareketlerinde kendilerini hissettirmektedir.
