Hikaye, özel bir görev gücü olan "Public Security Section 9" ekibinin başındaki Major Motoko Kusanagi'yi (Kod adı: The Major) takip eder. The Major, Hanka Endüstrileri tarafından geliştirilen yeni bir yapay zeka, Puppet Master'ı izlemek ve etkisiz hale getirmekle görevlendirilir. Puppet Master, siber-ağda varlığını sürdüren, kendi bilinci olan ve insanların zihinlerine sızabilen bir yapay zeka entelektüel bir suçludur.
