Hikaye, devasa boyutlardaki bir köpekbalığı ve bir tür dinozor benzeri dev krokodil arasındaki çatışmayı konu alır. Devasa boyutlardaki bu yaratıklar, denizde ve karada insanlar için ciddi bir tehdit oluşturur. İnsanlar, bu devasa yaratıkları durdurmak ve insanlığı kurtarmak için mücadele ederken, Mega Shark ve Crocosaurus arasındaki mücadele izleyicilere aksiyon dolu anlar sunar.
