Megalopolis, yıkıcı bir felaketin ardından New York'u ütopik bir şehir olarak yeniden inşa etmek isteyen idealist bir mimar olan Cesar Catalina'nın hikayesini anlatıyor. Catalina'nın bu vizyonu, şehrin yozlaşmış ve statükocu belediye başkanı Franklyn Cicero ile çatışmasına neden olur. Cicero, değişimden ziyade kişisel çıkarlarını korumakla daha çok ilgilenir. Film, bu iki güçlü karakter arasındaki çatışmayı ve onların New York'un geleceği hakkındaki farklı vizyonlarını araştırıyor. Film aynı zamanda Cicero'nun kızı Julia Cicero'yu da içeriyor; Julia, babası ile sevdiği adam Catalina arasında kalmıştır.
